I nidi di aquila reale sono di solito su grandi pareti rocciose a quote più basse rispetto al territorio di caccia, così da consentire il trasporto anche delle prede più pesanti  senza grande dispendio di energie. Una massa di rami costituisce il nido che per l’uso in anni successivi raggiunge spesso grandi dimensioni ed arriva a sfiorare il metro di spessore e i 2m di diametro. Di solito, il nido è posto su un davanzale di roccia o in una nicchia, ma anche su di un albero che può fungere da sostegno. Le coppie di aquile sono fedeli per anni e controllano ciascuna un proprio territorio che può raggiungere i 5km quadrati. Il periodo riproduttivo ha inizio in marzo, con spettacolari parate nuziali aeree in cui si susseguono picchiate, giri della morte, voli a festoni e persino scambi di prede in volo, alternate alle attività di restauro con rami freschi dei diversi nidi di cui di solito dispone la coppia che ne sceglie uno per l’allevamento dei piccoli. La femmina dispone 1-2 uova grandi e bianche e le cova, mentre il maschio le procura il cibo e talvolta le dà il cambio:dopo 40-45 giorni, nasce il primo pulcino coperto di piumino bianco e dopo 1-2 giorni il secondo, ma il più grande spesso, appropriandosi di tutti i pezzettini di carne offerti dai genitori impedisce al fratello di sopravvivere. In circa 60 giorni i giovani divengono aquilotti in grado di esercitarsi sul bordo del nido con il battuto delle ali e di dilaniare le prede portate dagli adulti sul nido: all’età di 75 giorni circa spiccano il primo volo per rimanere nel territorio fino alla primavera successiva.